Контрреформация. Протестантская Реформация вызвала отклик в католицизме. Начиная с 40-х годов 16 века католики ведут борьбу за возвращение потерянных позиций в Западной Европе начинается период контрреформации. Участники движения остро ставят вопрос об укреплении единства в самой организации католической церкви, об усилении внутренней дисциплины и папской централизации, но главной была открытая борьба католицизма против протестантизма. Передовым боевым отрядом католиков стал орден - Общество Иисусово иезуиты - основанный испанцем Игнатием из Лойолы в 1534 году и утвержденный папой в 1540 году. Иезуиты составляли ядро инквизиции, реорганизованной для борьбы с Реформацией.
Инквизиция возникла как проявление и следствие кризиса церковной власти и идеологии необходимо было церковную идеологию привести в соответствие с новой общественной ситуацией и новыми идейными течениями эпохи. Тридентский собор 1545-1563, однако, уклонился от решения философских проблем и споров между школами, не желая нарушать единство церкви.
В этот период происходит новое оживление схоластической философии в форме томизма. Сначала это было в Италии, затем в Испании, первоначально главную роль играли доминиканцы, затем иезуиты. Наибольшее значение для попыток реставрации средневековой схоластики в эту эпоху имело учение испанского иезуита Франциска Суареса 1548-1617.