Начало менонитской колонизации в России восходит к царствованию императрицы Екатерины II. Согласно ее манифесту от 4 декабря 1762 года в Россию приглашались иностранцы кроме евреев для поселения где они пожелают. Им предоставлялась свобода вероисповедания, они освобождались от воинской повинности, но запрещался прозелитизм. После присоединения Крыма в 1783 году началась иностранная колонизация юга России. Менониты поселились в России с конца XVIII века на острове Хортица и Екатеринославской губернии (нынешняя Днепропетровская) кроме того, в начале XVIII века они поселились в Таврической губернии (ныне Бердянск и Мелитополь). Продолжалась менонитская колонизация до 1859 года, несмотря на то, что официальная колонизация в России была прекращена в 1835 году. Такую уступку менонитам сделали потому, что они были хорошими хозяйственниками.
В связи с введением общей воинской повинности в 1874 году, менониты призывались на службу в армии, но освобождались от ношения оружия. Службу они отбывали в специальных лесных командах. Но, несмотря на это, много менонитов после принятия закона уехали в США.
В среде российских менонитов возникло особое течение, которое называется братским менонитством.
В 50-е годы XIX века в среду южно-русских менонитов из Европы проникло пиетическое движение, которое представляло собою реакцию на усиление схоластики в протестантском богословии. Пиетизм происходит от латинского пиетос — благочестие. Это направление в немецком протестантизме конца XVII – начала XVIII века возникшее как реакция на крайнее рационалистическое течение в протестантизме.