Во главе общины стоит пресвитер. В его обязанности входит произнесение проповеди, совершение крещения, преломление хлеба, посвящение или подтверждение избрания дьяконов, а также забота о церковной дисциплине.
Пресвитер избирается общиной и поставляется на свою должность пресвитерами других общин. Каждая меннонитская община независима в своих внутренних делах и управляется общим собранием. Общины объединяются в конференции и в своей практике руководствуются решениями, которые принимаются на общих собраниях.