В зависимости от апологетических задач баптистскими историками были выдвинуты последовательно три теории происхождения баптизма. Самой первой является версия, которую называют иерусалимско-иорданской, иоанитской, согласно этой гипотезе баптисты существовали со времен Иоанна Крестителя. Эта теория, возникшая во второй четверти XVIII века, преследовала цель подчеркнуть апостольское преемство баптистских общин по вере.
Второй версией является теория анабаптистского родства. Она имеет своей целью показать духовную связь с рядом сект, практиковавших вторичное крещение. К этим сектам относят анабаптистов немецких, голландских и швейцарских, некоторых средневековых сектантов (вальденсов), а также сектантов и еретиков из истории первых трех веков христианства, в частности, новациан и донатистов. Признавая сложность установления исторической преемственности, ее сторонники настаивают на преемственности в вопросе крещения. Эта теория возникла в середине XIX века.
Третьей теорией является теория английского сепаратистского наследия. Эта теория появилась на рубеже XIX-XX веков. Сторонники данной версии делятся на две части. Одни утверждают, что баптизм ведет свое начало от частных баптистов, исключая при этом общих или генеральных баптистов, поскольку они в своем большинстве выродились в унитарианство (социанство) и с ними после этого баптисты не поддерживали контакты.
Другие считают, что с 1610 года существует непрерывная последовательность баптистских общин, т.е. они полагают, что начала баптизму положила группа Смита-Хелвеса, которая была организована в Голландии в Амстердаме.
Последняя теория получила наибольшее распространение и является сейчас рабочей теорией баптистских историков.