Основными вопросами схоластической философии являются проблемы соотношения веры и разума, единичного и общего, по-прежнему в качестве важнейших тем сохраняются вопросы о бытии Бога, возможности спасения души и т.п. Центральную проблему зрелой схоластики составляет спор о универсалиях — общих идеях, об отношении единичного к общему и о реальности существования общего. В зависимости от ответа на этот вопрос в средневековой философии формируются три позиции.
Реализм, представители которого утверждали, что общее существует реально, в виде идеальной или реальной «вещи» и не является простым конструктом человеческого ума. реализм поддерживался церковью, поскольку не конфликтовал с официальным вероучением и служил дополнительным обоснованием бытия Бога. Представителями реализма были Эриугена, Ансельм Кентерберийский, Фома Аквинский.
Противоположная реализму позиция — номинализм. Номиналисты утверждали, что универсалии являются простыми именами вещей, поэтому существуют только в разуме человека, и не обладают самостоятельным существованием в качестве вещи. Номинализм иногда называют средневековой версией материализма, однако подобное представление не должно вводить в заблуждение. Номиналисты не отвечают на вопрос о первичности материи или духа, для них, как и для всех средневековых философов, несомненно первичной остается духовная реальность. Номинализм получил широкое распространение в поздней схоластике, его представители — Иоанн Росцелин и Уильям Оккам.
Концептуализм — философская позиция, примиряющая реализм и номинализм, согласно которой реально существуют отдельные вещи, а общее обретает реальность в сфере ума в виде понятий. Создателем концептуализма является Пьер Абеляр.
Основными принципами средневекового философского мышления считаются теоцентризм — Бог есть центральная точка мировоззрения, креационизм — вера в то, что все существующее является актом божественной воли, сотворено Богом из ничего; провиденциализм — вера в божественную предопределенность всего существующего; эсхатологизм — вера в конец света и действенное ожидание его. Важной особенностью средневекового мышления является авторитарность — последним аргументом всегда остается отсылка либо к авторитету Священного Писания, либо к трудам Отцов церкви. Господство христианства диктует подобный образ мысли и определяет превосходство теологии над другими видами знания.
В период зрелой и особенно поздней схоластки одной из Равных тем философствования становится проблема соотношения веры и разума. Этот вопрос обсуждался еще в философии Августина, но теперь он получает иную интерпретацию. Поздняя схоластика говорит об относительной самостоятельности разума. На этой основе возникает теория двойственной истины, утверждающая независимое существование истин откровения и истин разума. Концепция двойственной истины открывает новый этап в развитии философии — этап освобождения философии от религии.