Методологическая функция философии проявляется в том, что она формулирует наиболее общие законы, принципы, категории, в которых концентрируется опыт взаимодействия человеческого общества с объективным миром, а эти последние знания используются в процессе дальнейшего познания. К системе принципов философского метода относятся прежде всего принципы объективности, всесторонности и конкретности научного исследования объекта, изучение объектов в их взаимосвязи и развитии, в их внутренней противоречивости, в единстве качественных и количественных изменений и т. д. Эти принципы в какой-то мере уже освещены в теме о диалектике.
Роль диалектико-материалистического метода в познании особенно ярко проявляется во взаимодействии философии и естествознания. В истории науки можно выделить ряд периодически повторяющихся циклов, состоящих из двух этапов: так называемой «нормальной науки» и научной революции. На первом этапе наука развивается как бы вширь (экстенсивно). Она развивает приложения уже сложившихся теорий и не меняет основных методов исследования природы. На следующем этапе экстенсивное развитие науки сменяется интенсивным(развитием вглубь). Это период, когда познание и практика втягивают в орбиту научного исследования принципиально новые объекты и связи действительности. Каждый уровень (цикл) развития естествознания обобщается в философии, которая вырабатывает общие методы исследования. Применение в естественных науках этих методов, при условии постоянного накопления новых эмпирических данных, обеспечивает перестройку естественнонаучной картины мира и появление новых фундаментальных теорий. В связи с этим естествознание вступает в следующую фазу своего исторического развития. Но тогда получает новые факты и сама философия. Она вновь обобщает достижения науки этого более высокого уровня, уточняет прежние методологические принципы и в обновленном виде снова несет их в естествознание. Эти циклы повторяются. Реализуя между собой указанную программу двусторонней связи, философия оказывается способной решать проблему методологических рекомендаций науке в форме, адекватной ее запросам и потребностям.
Таким образом, выход из кризисной ситуации в развитии частно-научного знания достигается за счет обращения ученого к сфере философских исследований. В этих исследованиях он ищет методологические принципы, которые могли бы подсказать приемы изменения старых норм построения науки. И такими приемами как раз выступают принципы материализма и диалектики, так как именно в них отражаются наиболее общие законы развития объективного мира и человеческого мышления. Опираясь на философские принципы, наука перестраивает прежние методы исследования и приходит к фундаментальным положениям принципиально новых теорий. Проиллюстрируем сказанное на примере развития представлений о делимости атома, ознаменовавших возникновение принципиально новой картины физической реальности. Известно, что в 1896 году французский физик Беккерель впервые обнаружил явление радиоактивности. Однако идея делимости атома утвердилась в физике только после создания теории радиоактивного распада (1902 г.). Создатель этой теории Эрнест Резерфорд еще за пять лет до открытия радиоактивности разработал идею, согласно которой все объекты природы должны рассматриваться как продукты развития. К объяснению радиоактивности Резерфорд и Содди как раз подошли с точки зрения этой философской идеи. Так философская идея привела к плодотворной гипотезе о структурной сложности и делимости атома.
Конечно, методологические функции философии проявляются и во взаимодействии ее с общественными науками, и в процессе изложения уже полученных результатов исследования. Так, в понимании сущности художественного творчества, в изучении произведений искусства и литературы велико методологическое значение таких категорий диалектики, как содержание и форма, сущность и явление, единичное, особенное и всеобщее. В познании общественных явлений важную методологическую роль выполняют такие принципы, как исторический детерминизм, принцип определяющей роли общественного бытия по отношению к общественному сознанию, диалектико-материалистическое понимание социального прогресса и т. д.
Некоторые философы пытаются использовать искаженное представление о диалектико-материалистическом методе для его критики. Однако против этого выступает вся история отечественной науки и личные свидетельства выдающихся советских ученых (в частности, математика и физика А.Д. Александрова, астронома В.А. Амбарцумяна и других).
Несостоятельность диалектико-материалистического метода пытаются «доказать» также тем, что с его помощью, дескать, не сделано ни одного научного открытия. При таком толковании диалектического метода упускается из виду действительно существующая в механизме действия диалектического метода «тонкость». Она состоит в том, что диалектико-материалистический метод нельзя рассматривать в качестве инструмента простого доказывания, в качестве общей универсальной отмычки к решению любой конкретной научной проблемы. Одно только знание методологических принципов диалектики не обеспечивает автоматически успех исследования. Указанное знание должно сочетаться с глубокими знаниями сферы конкретного (частнонаучного) исследования и с умением творчески применять диалектико-материалистические принципы в конкретных актах познания. Именно на такое понимание и использование диалектико-материалистического метода нацеливают, прежде всего, такие его принципы, как объективность и конкретность.