В философии Нового времени мы встречаем модифицированный вариант субстратного понимания материи, продолжающий традицию античных атомистов.
Материя с этой точки зрения есть субстрат, т.е. то из чего состоят все вещи. Этот субстрат дифференцирован на составляющие его элементы и представляет собой совокупность мельчайших частиц (корпускул, атомов), на которые делимы все материальные тела. Делимость материальных тел (или материи) рассматривается философами-материалистами Нового времени как общепризнанный факт. Правда, не все они признавали бесконечность делимости материи. Так, например, уже Т. Гоббс (1588-1679), соглашаясь с выводами физики Р. Декарта, считал, что тела состоят из корпускул, делимых до бесконечности.
Материя как субстрат на уровне своих элементарных форм (атомов или корпускул) заключает в себе все основные вещественные свойства тел, такие как протяженность, плотность, тяжесть (весомость), форма, движение. Помимо этих свойств материя наделялась также способностью ощущения (чувствительности) (Ж.О. Ламетри, К.А. Гельвеций), силой инерции и делимостью (Д. Дидро, П. Гольбах). В дальнейшем это субстратное понимание материи резюмируется в соответствующих определениях, а именно: материя есть вещество как таковое (вещество вообще), т.е. совокупность всех вещественных свойств тел.
В то же время в рамках данной материалистической традиции в философии Нового времени постепенно складывается новая, субстанциальная концепция материи. Она берет свое начало в философии Р. Декарта (1596-1650), который вводит понятие субстанции и устанавливает мыслящую и протяженную субстанции в качестве двух независимых друг от друга оснований бытия (дуализм).
Согласно Р. Декарту, субстанция есть то, что существует независимо от чего бы то ни было («вещь, которая существует, совершенно не нуждаясь для своего бытия в другой вещи»). В дальнейшем голландский философ Б. Спиноза (1632-1677), развивая эту идею субстанции, определяет ее как причину самой себя (causa sui).
Материалистическое переосмысление идеи субстанции характерно для французского материализма XVIII века (Ж.О. Ламетри, Д. Дидро, К.А. Гельвеций, П. Гольбах). Все важнейшие моменты определения понятия субстанции Б. Спинозы были распространены на понятие природы. Материя (или природа) как субстанция есть то, что существует независимо от чего бы то ни было, и в качестве таковой она есть основа (субстрат) всех телесных (вещественных) качеств и свойств. Ее фундаментальными характеристиками являются атрибуты. По существу это была всего лишь популяризация основных идей спинозизма без каких-либо инноваций и особых теоретических усилий философского обоснования.
«Природа есть причина всего; она существует благодаря самой себе; она будет существовать и действовать вечно; она – своя собственная причина…», «она всегда существовала сама по себе; в ее лоне зарождается все…» (П. Гольбах).
Прямым следствием обоснования и развития этих взглядов был атеизм.