Методологія не є суцільною наукою і має прошарковий характер. Найбільш загальний характер має філософська методологія. Її альтернативні підходи - метафізика й діалектика. Там, де справа йде про сталість, повторність процесів, де є факти переліку механічного утворення, там використовується метафізика, а в ній - формальна логіка, яка чітко дає відповідь на питання - "так" чи "ні". Такими методами користуються обчислювальна математика, бухгалтерський облік, статистичні методи тощо. Де є рух, динаміка, стрибки й переходи, наприклад у явищах кризового стану, інфляції, гіперінфляції, маргіналізації, ризику, там використовуються методи із застосуванням методів діалектичної логіки.
Другий ешелон методології - це загальнонаукова методологія, яка включає у себе й елементи діалектики, й елементи метафізики, тобто формальної логіки. Ця методологія об'єднує такі методи, як інтуїція та дедукція, аналіз і синтез, зв'язок логічного з історичним тощо. Розробка проблем методології науки обумовлена необхідністю вдосконалення наукою своєї власної природи /на відміну від філософської/, розробки принципів і методів, що лежать в основі пізнання дійсності та відтворення її в мисленні в абстрактних формах.
У зв'язку з розширенням теорії вимикає потреба створювати спеціальну "надбудову" - метатеорію. Для конкретних економічних наук такою метатеорією є політекономія або, як її зараз називають, "теорія макроекономіки". В теорії інформатики поряд з існуванням різних спеціальних мов існує теорія метамови. Для різних видів бух обліку існує загальна теорія бух обліку, яка методологічною основою має розробку балансової системи обліку, і т.д.
У третьому ешелоні методології знаходиться методологія конкретного предмета, наприклад, у бух обліку, в статистиці, в математиці і т.д. Так, у математиці досить широко використовується метод індукції, аксіоматичний метод, метод формалізації тощо. У соціальній статистиці - метод групування, метод індексації.
Усі ці види методологій тісно пов'язані між собою і їх немає рації роз'єднувати, тим більше протиставляти. Пріоритетною повинна бути загальнофілософська методологія, яка тісно пов'язана із світоглядними принципами.