Важливий аспект надійної роботи файлової системи - контроль її цілісності. В результаті файлових операцій блоки диска можуть прочитуватися в пам'ять, модифікуватися і потім записуватися на диск. Причому багато файлових операцій зачіпають відразу декілька об'єктів файлової системи. Наприклад, копіювання файлу припускає виділення йому блоків диска, формування індексного вузла, зміна вмісту каталога і так далі Протягом короткого періоду часу між цими кроками інформація у файловій системі опиняється неузгодженою.
І якщо унаслідок непередбачуваного останову системи на диску будуть збережені зміни тільки для частини цих об'єктів (порушена атомарність файлової операції), файлова система на диску може бути залишена в несумісному стані. В результаті можуть виникнути порушення логіки роботи з даними, наприклад з'явитися "втрачені" блоки диска, які не належать жодному файлу і в той же час помічені як зайняті, або, навпаки, блоки, помічені як вільні, але в той же час зайняті (на них є посилання в індексному вузлі) або інші порушення.
У сучасних ОС передбачені заходи, які дозволяють звести до мінімуму збиток від псування файлової системи і потім повністю або частково відновити її цілісність.