Третий, последний период философии Возрождения (16 — нач. 17 вв.) знаменуется началом общеевропейской религиозной революции — Реформации, которая стимулировала ряд дискуссий с далеко идущими для европейской философии последствиями. Прежде всего это спор о свободе воли между Лютером и Эразмом Роттердамским. Эразм, утверждая свободу воли, призывает перейти от нагромождений схоластической культуры на «путь Христа», каковым он считал милосердие, веру и простую жизненную мудрость. При этом роль философии, разоблачающей претензии любого мнимого знания, оказывалась весьма значительной. Лютер разрабатывает теорию предопределения и спасения только верой, в силу чего традиционная философия оказывается излишней, если не вредной. Но на деле лютеровское углубление понятия веры не порывает с основными мотивами Возрождения и способствует прояснению роли самосознания в структуре личности: в этом отношении Лютер — предшественник Декарта. Лютер и его интеллектуальные соратники (Цвингли, Меланхтон, Кальвин) подготовили почву для перехода от возрожденческого идеала совершенной личности к новоевропейскому идеалу рационально-активного и этически-ответственного субъекта. В рамки Возрождения вписывается также реформаторская мистика Себастьяна Франка и Беме. Поэтическая натурфилософия последнего сыграла большую роль в развитии классической немецкой философии.