Внутрішній вміст клітин, за винятком ядра, називають цитоплазмою. Цитоплазма становить собою неоднорідний колоїдний розчин – гіаплазму з розташованими в ній органелами та іншими структурами.
Гіаплазма – це прозорий розчин органічних і неорганічних сполук у воді, частка останього становить від 50 до 90%. З органічних сполук у гіаплазмі переважають гідрофільні білки, поліпептиди, вільні амінокислоти, а також моно- та олігосахариди, полісахариди, ліпіди, різні типи РНК, окремі нуклеотиди. В гіаплазмі міститься значна кількість катіонів металів, з яких найважливіші - Са2+, К+, а також аніони вугільної та фосфорної кислот, С1-, розчинений кисень та інші гази. Залежно від функціонального стану клітини концентрація іонів водню в гіалоплазмі може змінюватись, про що свідчить її водневий показник (рН).
Гіалоплазма перебуває в рідкому (золь) або драглистому (гель) станах, причому окремі її ділянки водночас можуть бути у різних станах. Перехід від одного стану до іншого зумовлений концентрацією іонів кальцію, АТФ та частковою денатурацією чи ренатурацією особливого білка гіалоплазми - актину. Фізичний стан гіалоплазми регулює швидкість перебігу біохімічних процесів: чим вона густіша, тим повільніші хімічні реакції. Перехід зі стану золю у стан гелю сприяє рухові тваринних клітин за допомогою псевдоподій та цитозу.
Клітинні включення - це непостійні структури, які то виникають, то зникають у процесі життєдіяльності клітини. Вони містяться у цитоплазмі чи клітинному соку вакуолей рослинних клітин у твердому або рідкому станах і можуть мати вигляд кристалів, зерен (гранул) чи краплин. Це насамперед запасні речовини. Так, крохмаль, накопичуючись у лейкопластах (безбарвних пластидах), врешті-решт, розриває їхні мембрани і виходить у цитоплазму, де зберігається у вигляді зерен. Крім крохмалю, в клітинах запасаючої тканини різних рослин накопичуються білкові гранули (бобові рослини) або рідкі жири (арахіс). У тваринних клітинах запасається полісахарид глікоген (у вигляді зерен чи волоконець), різні ліпіди та білки (особливо багато їх у цитоплазмі яйцеклітин, вони мають назву «жовток»). Глікоген запасається також у клітинах грибів.
У цитоплазмі клітин багатьох організмів є нерозчинні продукти обміну: солі сечової кислоти, кристали щавлевокислого кальцію (у клітинному соку щавлю, бегонії та інших рослин).
Під дією ферментів більшість клітинних включень розпадається на сполуки, які вступають у процеси обміну речовин, можуть використовуватись під час росту, цвітіння, дозрівання плодів.