Кожна наука має власні методи досліджень.
Порівняльно-описовий метод – один і найдавніших методів. Його застосовував ще видатний давньогрецький вчений Арістотель, який описав приблизно 500 відомих йому видів тварин. Суть цього методу полягає в тому, що певні форми організмів чи явищ не лише описують, а й порівнюють з подібними організмами або явищами. Це дає змогу встановити своєрідність об’єкта досліджень.
Експериментальний метод ґрунтується на тому, що дослідники змінюють будову об’єкта дослідження, умови його існування, впливають на його за допомогою різних акторів і спостерігають за наслідками цих змін.
Моніторинг – це постійне спостереження за станом окремих біологічних об’єктів, перебігом певних процесів у конкретних біогеоценозах чи біосфері. Моніторинг дає змогу не лише визначити стан об’єктів дослідження, а й прогнозувати можливі зміни, а також аналізувати їхні наслідки.
Моделювання – метод дослідження і демонстрування структур, функцій, процесів за допомогою їхнього спрощеного відтворення. Обов’язковим етап - різноманітних наукових досліджень.
Особливе місце належить математичному моделюванню, завдяки якому можна проаналізувати складні кількісні взаємозв’язки та закономірності.
Статистичний метод – результати спостережень, експериментів або моделювання, потребують статичної (математичної) обробки.