Ферменти, яких відомо понад 2000, становлять собою прості (однокомпонентні) чи складні (двокомпонентні білки). Складні білки, на відміну від простих (пепсину), містять небілкову частина. Небілкова частина ферментів може бути представлена або органічними речовинами, або катіонами чи аніонами.
Специфічність ферменту стосовно речовин, реакцію за участю яких він каталізує, визначає білковий компонент. Але активність складних ферментів проявляється лише тоді, коли білкова частина сполучається з небілковою.
Каталітичну активність ферменту зумовлює не вся його молекула, а лише її невелика ділянка – активний центр. Його структура відповідає хімічній будові речовин, які вступають у реакцію. Тому дія ферменту специфічна. В одній молекулі ферменту може бути кілька активних центрів.
Особливістю дії ферментів є те, що їхня активність проявляється лише за певних умов: температури, тиску, рН середовища. Ферментативні реакції перебігають у вигляді послідовних етапів. Ланцюги взаємопов’язаних ферментативних реакцій загалом забезпечують обмін речовин і перетворення енергії в клітинах й організмі в цілому.
Ферменти мають певне розташування як у межах окремої клітини, так і організму в цілому. У клітині ферменти локалізуються в певних її частинах, багато з них зв’язані із мембранами клітин або окремих органел. Деякі ферменти беруть участь в активному транспорті речовин через мембрани.
Організми здатні регулювати біосинтез ферментів. Це дає змогу підтримувати відносно сталий їхній склад за значних змін умов довкілля і частково видозмінювати ферменти у відповідь на такі зміни.
Для різних біологічно активних речовин (гормони, лікарські препарати, стимулятори росту рослин) полягає в тому, що вони можуть стимулювати або пригнічувати той чи інший ферментативний процес.