Різноманітність видів вивчає систематика, а екосистем – біогеоценологія та біогеографія. Різні види об’єднують у групи (таксони) різних категорій (рангів), кожна з яких має індивідуальну наукову назву. Основні систематичні категорії – це вид, рід, родина, ряд, клас, тип, царство. Кожен вид слід обов’язково класифікувати, тобто віднести до кожної із заданих категорій.
Крім основних, у систематиці деяких груп організмів застосовують і допоміжні категорії. Найуживаніші з них – це вид, підродина, надродина, підряд і т.д. Основним критерієм для створення штучної (формальної) системи є ступінь подібності класифікованих об’єктів. При цьому не враховують дані палеонтології та будь-які інші свідчення еволюції. Такі штучні системи створюють через нестачу даних про історичний розвиток, онтогенез, будову та екологічні особливості певних груп організмів.
Філогенетична або природна система базується на кількох принципах: усі сучасні види є нащадками викопних форм, що зумовлене безперервністю життя; видоутворення відбувається переважно завдяки дивергенції, тому кожна систематична група походить від спільного предка, тобто має монофілетичне походження; кожен тип (відділ) має властивий лише йому загальний план будови, який докорінно відрізняється від інших; як нині існуючі, так і вимерлі види входять в єдину класифікацію живого, тобто систематичне місце виду не залежить від часу його існування
Отже, природна класифікація грунтується на розуміннні того, що ступінь подібності видів є результатом їхнього історичного походження від спільного предка. Ступінь подібності видів тим менший, чим більше розійшлися ознаки порівнюваних видів унаслідок послідовних дивергенцій в минулому.