Є кілька гіпотез походження еукаріот від прокаріот. Найвірогіднішою на сьогодні є симбіотична гіпотеза, за якою еукаріотична клітина виникла в результаті кількох актів симбіогенезу. Спочатку велика амебоїдна клітина (архебактерії) поєднувалась з дрібними аеробними бактеріями, які перетворилися на мітохондрії. Після відокремлювання ядра в цитоплазмі ця клітина стала вихідною для утворення царств грибів і тварин. Внаслідок її поєднання з ціанелями утворилася пластидна клітина, що дало початок рослинам.
Формування ядра в еукаріот підвищило надійність зберігання і передачі генетичної інформації.
Наступним важливим етапом еволюції органічного світу стала поява багатоклітинних організмів (близько 1 млрд років тому). Це дало початок диференціації органів і тканин, спеціалізації клітин, їх пристосованості до виконання певних функцій. Більшість науковців вважають, що багатоклітинні організми походять від колоніальних унаслідок диференціації їх клітин.
До кінця протерозойської ери з’являються всі типи безхребетних: одноклітиннні, губки, кишкопорожнинні, плоскі, круглі і кільчасті черви, членистоногі.
Походження наземних рослин. Формування перших наземних рослин почалось в Селурі. Першими на сушу вийшли рослини, тому що водойми частко пересихали, формувався грунт, в атмосфері накопичилось достатньо кисню, в результаті ароморфозів сформувалися тканини у рослин, всасування мінеральних речовин відбувалося за допомогою ризоїдів, самими найдавніними рослинами суші є ринія та куксонія, риниофіти вимерли, але вчені гадають, що саме вони дали початок всім іншим групам наземних рослин.