Методология рационального мышления – это наука о его методах. Она опирается на исторически всё более полное и зрелое знание его объективных законов и реальных возможностей. Иначе методологию можно назвать научной самодисциплиной рациональной человеческой мыследеятельности.
Исторически исходные формы рационального мышления можно определить как стихийный рационализм. Каждый человек становится его носителем с детства, когда осваивает родной язык: рациональные умопостроения на этом уровне методологической культуры можно определить как стихийное здравомыслие. Первый акт методологического окультуривания рациональной мыследеятельности состоялся в IV в. до н. э. с созданием формальной логики Аристотелем. Дальнейшее методологическое окультуривание развивалось в несколько этапов, на которых осуществлялось систематическое познание определённых феноменов, анализировался и обобщался соответствующий исторический опыт познания. Эти исторические этапы были связаны: со святоотеческим богословием (I–IV вв. н. э.); со средневековой схоластикой (XII–XIV вв. н. э.); со спекулятивной метафизикой (XVI–XVIII вв. н. э.); с эффективной теоретизацией естествознания и обществоведения (XVIII–XX вв. н. э.).
Методологическая самодисциплина рационального человеческого мышления становится зрелой лишь со второй половины ХХ в. в связи с особенно интенсивной разработкой философии науки и «отпочкованием» от неё эволюционной теории познания. Последняя выявляет полный комплекс законов рационального человеческого познания и включает в себя формальную логику дедуктивного мышления в качестве частного раздела.