Модель структурных уровней имеет разностороннее опытное обоснование в современных науках о неживой природе. Но эта системно-историческая модель во многом проблематична в науках о живой материи. С одной стороны, в каждом высшем организме бесспорно имеется сложная иерархия весьма автономных структурных уровней – от клеточного уровня до уровня органов и организма в целом. С другой стороны, эта многоуровневая иерархия резюмирует историю живой природы отнюдь не поуровневым образом. Так, в этой истории явно был начальный период, когда одноклеточные организмы были и венцом эволюции живого. Но явно не могло быть в этой истории такого периода, когда в водах Мирового океана, например, порознь существовали глаза, жабры, мозги, сердца и прочие органы, которые затем объединились в высшие системы организмов первобытных рыб. Этот парадокс оставляет широкое поле для гипотез по поводу эволюции земной биосферы. В том числе с введением элементов креационизма, считающего, что эволюция живой природы в целом (или, по крайней мере, её большие этапы) осуществлялась не без творческих актов Бога (или могущественных внеземных цивилизаций).