В настоящее время в России функционируют созданные на основании отдельных Федеральных законов от 10.01.2006 N 16-ФЗ (ред. от 23.04.2012) "Об особой экономической зоне в Калининградской области и о внесении изменений в некоторый законодательные акты Российской Федерации" , "Об Особой экономической зоне в Магаданской области" две Особые экономические зоны (Примечание: Срок действия документа ограничен 31 декабря 2014 года (статья 7 данного документа)).
На территориях указанных зон применяется льготный, по сравнению с действующим на остальной части таможенной территории Российской Федерации, режим налогообложения, в том числе при перемещении товаров и транспортных средств через таможенную границу Российской Федерации, а также в связи с таким перемещением.
Следует отметить, что функционирующие на территории Российской Федерации особые экономические зоны позволяют лицам осуществлять достаточно широкий спектр операций с ввезенными товарами. На территории Калининградской области даже разрешена розничная торговля товарами.
Основной особенностью указанных зон является то, что при ввозе товаров на их территории допускается заявление любого таможенного режима, в зависимости от целей такого перемещения. То есть они представляют собой территориальные образования, являющиеся частью таможенной территории Российской Федерации, при ввозе на которые, наряду с общим порядком перемещения, применяется таможенный режим свободной таможенной зоны (свободного склада).
В случае ввоза иностранных товаров и помещения их под таможенный режим свободной таможенной зоны (свободного склада) применяется освобождение от уплаты таможенных пошлин и налогов в соответствии с таможенным законодательством и законодательством Российской Федерации о налогах и сборах. При этом не вводится никаких ограничений права пользования и распоряжения такими товарами, за исключением необходимости использования таких товаров только в рамках границ территорий особых экономических зон.
Для целей ввоза товаров с территорий особых экономических зон на остальную часть таможенной территории Российской Федерации таможенный режим свободной таможенной зоны должен быть изменен на иной. При этом уплачиваются таможенные платежи, установленные в отношении вновь избранного таможенного режима.
Следует отметить, что в случае совершения с иностранными товарами, помещенными под таможенный режим свободной таможенной зоны, операций по переработке, в результате которой величина добавленной стоимости переработки составляет не менее 30 процентов, а для товаров, относящихся к электронике и сложной бытовой технике, - не менее 15 процентов, и такая переработка влечет изменение кода товара по таможенной классификации, товар считается произведенным в Особой экономической зоне. Товары, считающиеся произведенными в Особой экономической зоне, что подтверждается сертификатом о происхождении товара, и ввозимые на остальную часть таможенной территории (а также на территории стран таможенного союза), освобождаются от уплаты таможенных пошлин и налогов. К указанным товарам не применяются меры экономической политики.
В отношении иностранных товаров, ввозимых на территорию Особой экономической зоны и затем вывозимых за границу (как с переработкой, так и без переработки), таможенные пошлины, налоги, а также сборы за таможенное оформление не взимаются, меры экономической политики не применяются. При этом указанный порядок налогообложения применяется только в случае заявления лицом таможенному органу о намерении вывезти товары еще при ввозе таких товаров на территорию Особой экономической зоны.
В Калининградской области бенефициаром таможенного режима свободной таможенной зоны может выступать любое российское лицо. Пользователями рассматриваемого таможенного режима в Магаданской области могут выступать только участники Особой экономической зоны - юридические лица, зарегистрированные в соответствии с законодательством Российской Федерации на территории Особой экономической зоны, а также граждане, зарегистрированные в качестве индивидуальных предпринимателей, и получившие регистрационные свидетельства участника. При этом в случае нарушения участником Особой экономической зоны законодательства Российской Федерации администрация Особой экономической зоны вправе аннулировать регистрационное свидетельство. Участники Особой экономической зоны обязаны вести учет ввозимых, вывозимых, хранящихся, изготавливаемых перерабатываемых, приобретаемых и реализуемых товаров и представлять администрации Особой экономической зоны и в таможенный орган отчетность. Любые изменения, происходящие с товарами в пределах Особой экономической зоны, должны отражаться в учетных документах.
Киотской конвенцией не допускается введение количественных ограничений на ввоз товаров на территории свободных зон. При ввозе иностранных товаров в Особые экономические зоны на территории Российской Федерации к отдельным видам товаров и услуг могут применяться меры экономической политики (меры по количественному государственному регулированию внешнеторговой деятельности). Квоты на отдельные виды товаров, ввозимые на территорию Особой экономической зоны в Калининградской области установлены постановлением Правительства Российской Федерации от 14.07.2000 № 526 (с изменениями внесенными постановлением Правительства Российской Федерации от 30 ноября 2001 года N 830 (Российская газета, N 237-238, 04.12.2001); постановлением Правительства Российской Федерации от 25 сентября 2002 года N 708 (Российская газета, N 185, 01.10.2002) ;постановлением Правительства Российской Федерации от 31 июля 2003 года N 460 (Российская газета, N 156, 07.08.2003); постановлением Правительства Российской Федерации от 25 февраля 2004 года N 106 (Российская газета, N 40, 28.02.2004) "Об установлении на 2000-2005 годы количественных ограничений на отдельные виды товаров, ввозимых из других стран в таможенном режиме свободной таможенной зоны, действующем на территории Особой экономической зоны в Калининградской области".