Неоднородность – одна из важнейших характеристик РРИСО. Если многие корпоративные системы являются однородными, или неоднородность имеет место в одном - двух аспектах построения системы, то неоднородность РРИСО – многоаспектна. Прежде всего, это касается вычислительных мощностей узлов системы. Различия мощностей могут достигать порядка (десятичного) и это не связано с различиями в их функциональности. Например, это могут быть узлы в городской физико-математической школе и в сельской школе. Крайне неоднородна по скорости транспортная среда: быстрые локальные сети; сети типа MAN с хорошим IP-соединением; фрагменты WAN, в которых обмен информацией возможен только на уровне e-mail; наконец, узлы (в большом количестве), обмен с которыми производится только дискретными носителями (дискеты и проч.). Если все узлы разделить на классы по скорости доступного им транспорта, то можно сформулировать «функцию неоднородности» РРИСО: количество узлов в классе обратно пропорционально квадрату скорости.
Неоднородны информационные потоки. Наряду с относительно хорошо прогнозируемыми потоками регламентированной информации (списки вновь поступивших учащихся, отчеты, задания и тесты в системе дистанционного обучения) имеется значительная случайная составляющая, определяемая меняющимися интересами участников образовательного процесса и научных исследований.
Неоднородно прикладное программное обеспечение, с которым работают пользователи РРИСО, и которое тем или иным образом должно учитываться при работе системы. К этому ПО относятся средства подготовки документов, попадающих затем в РРИСО, инструментальные средства создания электронных учебников, технологические средства дистанционного обучения.
Неоднородны локальные базы данных. На двух разных узлах базы данных одинакового назначения могут быть построены различным образом.
Перечисленные аспекты неоднородности играют отрицательную роль, являются унаследованными от предыдущего состояния регионального информационного пространства образования и науки, и должны сводиться к минимуму с развитием РРИСО.
Однако аспекты, обусловленные иерархией, различием интересов и ролей людей системы образования, разумеется, останутся. Неоднородность в этом отношении даже увеличится благодаря увеличению функционального разнообразия информационной системы.