Суб’єктами програми є:
— ініціатор розроблення програми;
— державний замовник;
— орган управління;
— керівник та її виконавець.
Ініціаторамирозроблення програми можуть бути органи державної влади, органи місцевого самоврядування, академії наук, підприємства, установи, організації та громадяни. Державним замовником програми може бути міністерство, інший центральний орган державної виконавчої влади, сфера діяльності якого найбільшою мірою відповідає меті і завданням цієї програми. Органом управлінняпрограмою може бути центральний орган державної виконавчої влади, Академія наук, національний науковий центр, а в окремих випадках — провідна державна наукова або проектно-конструкторська організація. Керівником програми, як правило, призначається керівник або заступник керівника органу управління програмою, який несе персональну відповідальність за формування та хід виконання програми.
Виконавцямипрограми є науково-дослідні, проектно-конструкторські, інші організації науково-технічної сфери, підприємства, установи та організації незалежно від форм власності. Виконавці програми визначаються, як правило, на конкурсних засадах.
Ініціатор програми розробляє і подає Міністерству освіти і науки концепцію програми, в якій зазначаються її мета, кількісні та якісні параметри науково-технічної продукції, які передбачається отримати внаслідок виконання програми, очікувані техніко-економічні й соціальні результати впровадження цієї продукції, пропозиції про замовника, орган управління та керівника програми, а також джерела та обсяги фінансування.
Міністерство освіти і науки за участю координаційних рад з відповідних пріоритетних напрямів розвитку науки і техніки розглядає на підставі експертизи матеріали, внесені ініціатором програми, готує і подає Кабінету Міністрів обґрунтовані висновки щодо доцільності формування програми.
Уряд України з урахуванням висновків Міністерства освіти і науки, погоджених з Міністерством економіки та з питань європейської інтеграції і Міністерством фінансів, приймає рішення про формування програми, визначення замовника, органу управління та керівника програми.
Організація виконання програми забезпечується через укладання угод (контрактів) між органом управління програмою та її виконавцями, в яких визначаються обсяги, терміни виконання робіт, порядок фінансування та звітування, а також відповідальність сторін за взяті зобов’язання.
Фінансове забезпечення програми здійснюється за рахунок коштів, передбачених у Державному бюджеті на фінансування державних науково-технічних програм, а також за рахунок коштів інноваційних фондів і коштів заінтересованих підприємств, організацій та інших інвесторів.
Кошти, виділені на виконання програми з Державного бюджету та інноваційних фондів, є цільовими асигнуваннями і не можуть бути використані виконавцями та співвиконавцями програми на будь-яку іншу мету.
Конкретний механізм фінансування кожної програми визначається замовником програми виходячи з умов максимально ефективного використання виділених коштів, реального складу і можливостей виконавців та змісту і термінів виконання завдань програми.