Питання походження найпростіших дискусійне. Раніше вважали, що первісною групою найпростіших були саркодові, зокрема, стародавні голі амеби. У процесі дальшої еволюції від саркодових виникли джгутикові. Походження апікомплексних пов’язане із джгутиковими. Підтвердженням цьому є наявність в їх життєвому циклі джгутикової стадії. Інфузорії філогенетично також пов’язані із джгутиковими. На даному етапі еволюції органічного світу інфузорії перебувають у стані біологічного прогресу, вони пристосувались до життя в різноманітних середовищах і дуже поширилися в біосфері.
Останнім часом на підставі ультраструктурних досліджень доведено, що рослинні джгутиконосці є надзвичайно важливою центральною групою в еволюції. Від різних форм рослинних джгутикових розвинулися саркодові, споровики та інфузорії. Перші найпростіші, які дали початок сучасним рослинним і тваринним джгутиковим, мали автотрофний спосіб живлення й активно плавали (Л. М. Серавін, 1984).
Одноклітинні відіграють велику роль у природі. Вони забезпечують біологічний і геологічний колообіги речовин на Землі. Важлива їх роль ґрунтоутворенні. На 1 м2 ґрунтового шару припадає в середньому понад 100 мільярдів клітин найпростіших. Вони не тільки живляться бактеріальною ґрунтовою флорою, але й виділяють речовини, що стимулюють розмноження бактерій, особливо азотфіксуючих. З часом із їх відмерлих тіл в результаті складних реакцій утворюється специфічна речовина ґрунту – гумус.
Із скелетів найпростіших, що населяли моря в минулі геологічні епохи, утворилися осадочні породи. Встановлено, що певні види форамініфер відповідають нафтоносним шарам. Цим користуються геологи, розшукуючи нафту.
Цілий ряд одноклітинних прісноводних біоценозів є чудовими біоіндикаторами, тобто їх наявність у водному середовищі свідчить про певний ступінь його забруднення. При біологічному очищенні водойм теж вивчають фауну найпростіших. При очищенні води в активному мулі у великій кількості знаходяться черевовійчасті інфузорії і сувійки, що ведуть прикріплений спосіб життя. При погіршенні очищення у воді з’являються інфузорії туфельки, сувійки стають бродяжками, а при поганій – у великій кількості розвиваються джгутиконосці й амеби. При викидах отруйних речовин у водойму, сувійки згортають свій фільтрувальний апарат, скручують стебельце і часто навіть гинуть.