Формально в протекторате Богемии и Моравии сохранялось чешское правительство, но на практике всем заправлял имперский протектор. Парламент был распущен, политическая жизнь унифицировалась. Вместо существовавших ранее партии национального единства и Национальной партии труда была создана единственная партия национальной солидарности.
Оккупанты последовательно осуществляли перевод экономики протектората на военные рельсы. На нужды Германии работала вся промышленность, в том числе и крупнейшие оружейные заводы. В годы войны даже выросла численность занятых в промышленности. Те же предприятия, которые нельзя было переориентировать на выпуск продукции для военных нужд, закрывались. Германия подчинила себе финансовую систему протектората, что облегчало ей проведение политики его хозяйственного ограбления. На сельское хозяйство были наложены обязательные поставки продовольствия и сырья. Оружия, захваченного Германией в Чехословакии, хватило для вооружения 40 дивизий.
В соответствии с законами о так называемой “ариизации” конфисковывалось имущество евреев, а сами они вывозились в лагеря смерти. С октября 1941 г. началась отправка чешских граждан в концентрационные лагеря-пропускники, через которые прошли десятки тысяч человек.