Усилия гитлеровцев и их пособников по полному подчинению протектората нацистской Германии буквально с первых недель и месяцев оккупации натолкнулись на противодействие патриотически настроенной молодежи, интеллигенции, деятелей чешской культуры, которые активно поддерживали общественный оптимизм, веру в неизбежное освобождение. Шла подспудная полемика с нацистской пропагандой, утверждавшей идею непрерывной зависимости исторического развития Чехии от Германии.
Демонстративное проявление всего национального на первых порах оккупации было выражением массового недовольства новым положением. Политический характер приобрела манифестация в день национальной независимости 28 октября 1939 г. В ходе ее был ранен студент-медик Ян Оплетал. Он вскоре скончался, и его похороны вылились в новую манифестацию. Последовали репрессии, и 17 ноября нацистами были закрыты все высшие учебные заведения. Эта дата после войны отмечается как Международный день солидарности студентов.
К лету 1939 г. оформились первые подпольные группы движения Сопротивления. В протекторате был создан т.н. "Политический центр", в который входили представители различных домюнхенских политических партий, кроме коммунистов. Это была не слишком массовая организация, но она пользовалась политическим влиянием и поддерживала связи с лондонским центром чехословацкой эмиграции, объединившейся вокруг Бенеша.
Бывшие военные были инициаторами создания организации "Защита нации", которая развернула довольно широкую подпольную сеть, занимавшуюся главным образом сбором разведывательной информации. Во главе другой организации "Петиционный комитет - верными останемся!" стояли представители творческой интеллигенции социал-демократической ориентации. Название происходило от одноименного манифеста, оглашенного после мюнхенских событий и призывавшего чехов выступить в защиту демократической республики. Существовали и более мелкие группы. Весной 1940 г. возник координационный центр движения Сопротивления внутри страны (УВОД).
Организационную самостоятельность сохраняло коммунистическое подполье. Новая активизация его деятельности произошла лишь после нападения Германии на Советский Союз в 1941 г. Возник коммунистический центр в Москве во главе с К.Готвальдом
Лондонское эмигрантское правительство вошло в антигитлеровскую коалицию. 18 июля 1941 г. Бенеш заключил чехословацко-советское соглашение о взаимопомощи в борьбе с Германией. Его значение состояло в том, что советская сторона признавала Чехословацкий комитет в Лондоне правительством суверенной Чехословакии и партнером по антигитлеровской коалиции. Правительство СССР дало согласие на формирование на своей территории чехословацких воинских частей.
Ответом на постепенную активизацию деятельности подполья, усиление саботажа в промышленности явилось нарастание террора нацистов. В сентябре 1941 г. пост рейхспротектора Нейрата занял генерал Р.Гейдрих. При нем было введено чрезвычайное положение, активизировалась борьба с чешским подпольем. За связь в Лондоном был арестован премьер А.Элиаш и в июне 1942 г. казнен. Лондонский центр движения Сопротивления 27 мая 1942 г. организовал покушение на Гейдриха. Рейхспротектор был убит сброшенными на территорию республики десантниками Кубишем и Габчиком при поддержке членов подполья.
Развернувшийся после покушения нацистский террор тяжело отразился на подполье. По стране прокатилась волна арестов, были ликвидированы все сформировавшиеся руководящие центры, впредь действовали лишь остатки нелегальных организаций. Подпольная связь была существенно нарушена, пострадала и подпольная печать. Был также уничтожен второй по счету с момента оккупации нелегальный ЦК КПЧ, но вскоре коммунистами был создан третий. Однако связь между ним и московским центром Сопротивления смогли восстановить лишь весной 1943 г. Террор особенно подкосил некоммунистическое Сопротивление. Коммунисты оказались более организованными, они быстрее восстановили свою подпольную сеть.
С 1942 г. в СССР началось формирование чехословацких воинских частей. Произошло это в Бузулуке под руководством Людвига Свoбоды. И уже в начале 1943 г. состоялось их первое боевое крещение в битве у Соколово на Украине. Постепенно части превратились в бригаду, насчитывавшую 3000 человек. Позже, осенью 1943 г., чехословацкие воины под командованием Свободы участвовали в боях за Киев и Белую Церковь, а после освобождения Украины бригада превратилась в армейский корпус.
Под влиянием изменений в военной обстановке и роста международного авторитета и влияния СССР Э.Бенеш вынужден был признать в качестве равноправного партнера московский центр движения Сопротивления, представлявший собой внушительную силу. Укрепление позиций СССР в антигитлеровской коалиции в 1943 г., ставшем поворотным в ходе войны, заставило Э.Бенеша пойти на переговоры о заключении чехословацко-советского договора. 12 декабря 1943 г. в Москве Э.Бенешем и И.В.Сталиным был подписан чехословацко-советский договор о дружбе, взаимной помощи и послевоенном сотрудничестве.