Современная научная методология восходит к философским поискам универсального метода познания 17 века, оформившим основные методологических линии эмпиризма (Бэкон) и рационализма (Декарт). Они первыми в современную эру заявили о необходимости преобразования и систематизации накопившихся знаний, с целью их дальнейшего использования на практике и привнесения новых открытий.
Бэкон вскрывает причины плачевного состояния наук, важнейшими из которых, по его мнению, являются неправильная цель и неправильный метод науки, противодействие научному прогрессу, оказываемое богословием и схоластикой. Бэкон разделяет ученых своего времени на два класса: эмпириков и догматиков. Эмпирики, подобно муравьям, тащат в свою муравьиную кучу всевозможные факты, догматики же, подобно пауку, ткут ткань из самих себя. Надо, по Бэкону, в науке работать как пчела; извлекать материал из внешнего мира и перерабатывать его рационально. В основе метода Бэкона лежит опыт. Наука должна опираться на опыт, на практику, строя из них выводы методом индукции, т. е. переходя от частных фактов к обобщениям. Эти обобщения вновь проверяются опытом и практикой. Индукция представляет собой расширяющееся знание, ведет нас от неизвестного к известному, от частного к общему и поэтому способна открывать новые истины. Индуктивный метод сыграл огромную роль в развитии естествознания.
Противоположный взгляд на научную методологию развивался французским философом Рене Декартом. Если Бэкон подчеркивал ведущую роль опыта и индукции, то Декарт — логического анализа и правильных умозаключений по методу дедукции. Он полагал, что в основу этих умозаключений должны был положены ясные и простые принципы и строгая логическая последовательность выводов. Математика в методе Декарта играет первостепенную роль. Математическое знание – ориентир и идеал для прочих наук, ибо в ней достижимо всеобщее и необходимое знании, получаемое через строгую дедукцию из самоочевидных и не требующих доказательства аксиом.