Целевая программа является инструментом комплексного планирования. Это - взаимосвязанный по ресурсам, времени и исполнителям планируемый комплекс научно-технических, производственных и организационных мероприятий, объединенных конечной целью и осуществляемых под единым организационно-экономическим руководством. При этом осуществляется научно обоснованный выбор возможных технических решений, разрабатываются организационные и экономические условия, обеспечивающие своевременное финансирование и рациональное распределение ресурсов по этапам работ. Выявляются внутрипрограммные и внешние технологические связи. На этой основе строится оптимальная по срокам структура реализации проекта с учетом общих ограничений на ресурсы.
Программа характеризуется конкретным обоснованием конечной цели и органической связью с системой социально-экономического развития, высокой степенью внутренней сбалансированности технологических способов решения поставленных задач и требуемых для этого ресурсов, определением прав, ответственности и взаимных обязательств заказчиков и исполнителей работ, целевым финансированием.
Особенностью применения программно-целевого метода на современном этапе является разработка и реализация совокупности селективных комплексных программ.