Іван Брюховецький народився біля Диканьки на Полтавщині[3][4]. Дмитро Дорошенко називає його «не натуральним русином». Яким Сомко взагалі називав Брюховецького поляком.
Вперше він згадується в реєстрі Чигиринської сотні. Був старшим слугою (конюшим) у резиденції Богдана Хмельницького та виконував деякі дипломатичні доручення гетьмана. У 1659 р. Брюховецький під час гетьманських виборів їздив на Запоріжжя, щоб схилити запорожців підтримати кандидатуру Юрія Хмельницького. Незабаром Юрій став гетьманом, але Брюховецький покинув його. Він розумів, що молодий і бездарний новий гетьман не допоможе йому досягти високого чину. Залишившись на Запорізькій Січі, Брюховецький був обраний кошовим отаманом, а згодом і «кошовим гетьманом» (1659—1663 рр.).
Тим часом Юрій Хмельницький виявився недбалим гетьманом. У складних обставинах він розгубився, не дотримав присяги цареві, відновив Гадяцьку угоду 1659 року, за якою Україна шукала захисту Польщі. Цей вчинок викликав невдоволення лівобережних полків, і вони відмовилися слухати Юрія, заявивши, що хочуть мати нового гетьмана, вірного цареві. 1663 р. цар видав указ про вибори нового гетьмана.