До методологічних принципів конкретних наук можна віднести принцип редукції (класична фізика), підпорядкованості (синергетика), принцип когерентності, принцип доповняльності та інші.
Редукціонізм являє собою одну з методологічних програм філософії науки. Варіанти її втілення можна знайти в різних науках - математиці, фізиці, хімії, біології.
Спираючись на засади редукціоніської методології філософи і теоретики природознавства намагались розв’язати якнайменше дві фундаментальні проблеми. По-перше, відкрити загальні закони і принципи певних об’єктів - фізичних, хімічних або біологічних і побудувати цілісну картину відповідної реальності. По-друге, здійснити синтез знання в межах відповідної науки. Методологія редукціонізму спирається як на основну пізнавальну дію на процес редукції (від лат. reductio - повернення назад, до попереднього стану). Отже, якщо розуміти редукціонізм як зведення складного до простого, то методологічні процедури цієї моделі відповідають самій суті науки.
Сучасна революція в природознавстві пов'язана зі створенням і реалізацією двох нових дослідницьких програм: фізичної дослідницької програми унітарних калібрувальних теорій і загальнонаукової синергетичної програми (визначає принципові методологічні орієнтації сучасного природознавства). Завдяки синергетиці і теорії нерівноважних систем фізика стає історичною. Теоретична реконструкція таких феноменів привела до появи нового стилю наукового мислення — “нелінійного мислення”.
Методологічні принципи нелінійного стилю мислення орієнтують дослідника на те, щоб бути готовим до появи нового цілого при вивченні нелінійних процесів самоорганізації. Ці принципи вимагають дослідження умов нестійкого стану вихідної системи (принцип спонтанного порушення симетрії) та аналізу альтернативних можливостей появи стійких новоутворень (принцип когерентності, що передбачає узгодженість поведінки елементів вихідного середовища, які утворюють частини нового цілого, що математично виражається в появі нових симетрій).
Наприкінці XIX – початку XX ст. почався перехід до некласичного типу раціональності, який передбачає забезпечення об’єктивності пізнання завдяки врахуванню засобів діяльності суб’єкту. Принцип доповняльності Н.Бора академік В.А.Фок переформулював у принцип відносності до засобів спостереження. Він підкреслював, що цей принцип є узагальненням принципу відносності механічного руху до систем відліку, який діяв в класичній і релятивістській механіці.
Важливе місце серед методологічних принципів конкретних наук посідає еволюційна концепція в біології і еволюція вихідних принципів (Бюффон, Лінней, Ламарк, Дарвін, синтетична теорія еволюції), а також принципи детермінізму в геології. Він проголошує, що все, включаючи й саму причину, є дією якоїсь причини або причин, або, що все не просто детерміновано, а причинно детерміновано. Це формулювання, крім іншого, не бере до уваги час, минулий або майбутній.