Всі форми і підвидів sp. Glycine soja диплоїдні (2n = 40). Однак для роду Glycine основним числом хромосом можливо вважати 10, оскільки у sp. G. javanica (соя яванська) subgen. Glycine 2n = 20.
Через велику чисельність хромосом і ї малий розмір каріотип сої вивчений недостатньо, ідиограмма цієї культури не складена.
Характер спадкування основних ознак показаний в таблиці 7. До домінантних, як правило, відносяться ознаки з більш раннім проявом у філогенезі виду. Це стосується як