Традиційні напрямки селекції сої: на врожайність, скоростиглість, стійкість до вилягання, хвороб, шкідників, вмістом олії і білку в зерні. В останні роки визначився новий напрямок – на підвищену азотфіксуючу активність.
Селекція на врожайність. Більшість сортів, що внесені в Реєстр сортів рослин Укураїни, мають потенційну врожайність 3 – 4 т/га; рекордна врожайність у США досягає 7 т/га.
Індивідуальний добір на продуктивність рослин у гетерогенних популяціях необхідно проводити за наступними ознаками, які мають високе спадкування і низький рівень модифікаційної мінливості: висота рослин, довжина міжвузолів, число вузлів на головному стеблі, число насінин в бобі, маса 1000 зерен, індекс врожаю.
Формування, добір вихідних форм для селекції і створення нових сортів слід проводити на максимально вирівняному агротехнічному фоні.
При гібридизації найбільшу міру виразливості складового елементу в однієї батьківської форми слід доповнювати середньою виразливістю цього елементу в іншої. Оцінку селекційного матеріалу слід проводити за комплексом ознак, оскільки максимальний визаз одного з складових елементів, переважно, супроводжується близьким до мінімального виразу іншого. Добір на врожайність необхідно сполучати з добором на оптималоьне (15 – 17 см) прикріплення нижніх бобів і стійкість до розтріскування, що дає змогу знизити до мінімуму втрати врожаю при збиранні.
Селекція на скоростиглість. Це спрямування набуло особливого значення в зв’язку з інтродукцією сої в нові, більш північні райони, воно важливе також при створенні сортів для пожнивних посівів у південних районах з більшою сумою активних температур.
Для кожної зони необхідно створювати свої скоростиглі форми з урахуванням екологічних умов. Південним скоростиглим сортам необхідна сума активних температур 2000 – 22000С. При посіві в північній зоні вирощування культури у них збільшується вегетаційний період, вони переходять з групи ультраскоростиглих в групу середньостиглих і середньопізньостиглих, а північні ультраскоростиглі сорти на півдні набувають карликовості, врожайність їх різко знижується.
Сорти північного екотипу повинні мати наступні межі основних показників: сума активних температур (100С і вище) 1700 – 18000С, підвищена інтенсивність фотосинтеу, активний симбіотичний потенціал 15 – 20 тис. од., детермінантний тип росту, мінімальне або нульове гілкування, висота стебла 45 – 60 см, число продуктивних вузолів не менше семи, висота прикріплення нижнього боба не нижче 15 см, число бобів у вузлі 2 – 2,5, зерен у бобі 1,7 – 2, маса 1000 зерен 115 – 150 г, індекс урожаю не менше 35%, вміст білку в зерні 38 – 40%, олії 15 – 18%.
Скоростглі сорти повинні мати густоту стояння рослин перед збиранням 500 – 600 тис/га. В таких посівах виникає загроза полягання, в зв’язку з цим необхідна особливість таких сортів – стійкість до вилягання.
Ультраскоростиглі сорти створені в Швеції (серії Фіскебі, Шведська 856), однак вони характеризуються дуже низьким прикріпленням бобів (у зв’язку з чим непридатні до механізованого збирання) і підвищеною розлусністю бобів. Створені форми сої північного екотипу, які здатні утворювати урожай 2 – 2,5 т/га.
При будь-якому спрямуванні селекції важливо добирати форми, стійкі до розповсюджених в зоні шкідників і хвороб. В Україні сою частіш за все вражають хвороби сходів: фузаріози і бактеріози, плямистість листя – пероноспороз, аскохітоз, септоріоз, кореневі гнилі, бактеріальне в’янення, склеротиноз.
Селекція на вміст білка і олії. Більшість вирощуваних сортів містить 38 – 45% білка і 17 – 21% олії. В окремих форм ці показники досягають відповідно 52 і 27%. Між вмістом білка і олії встановлена чітко виражена негативна кореляція ( r = - 0.3 – 0.7). Більшою олійністю характеризуються крупнозені середньостиглі сорти.
У соєвій олії найбільш важлива незамінна лінолева кислота (50 – 60%). Однак її кількість прямо корелює з вмістом лінолевої кислоти (2 – 3%), що надає олії специфічного запаху і сприяє швидкому його окисленню
При селекції на підвищений вміст білка слід ураховувати, що в зерні скоростиглих форм з забарвленою і темною насіневою оболонкою його більше, ніж у жовтонасіневому середньостиглому. У високобілкових сортів сумарна кількість білку і олії вища, ніж високоолійних.
Вміст білку в зерні сої тісно пов’язаний з генетично обумовленою особливістю – симбіотичною активністю. Рослини, які здатні формувати великий симбіотичний апарат, а, таким чином, і повністю забезпечувати себе азотом за рахунок фіксації його з повітря, містять значно більше білку (різниця до 10%), ніж рослини, які ростуть поруч, але імунні до ризобій або такі, що зформували невеликий і менш активний симбіотичний апарат. В умовах кислих грунтів, нестачі того або іншого елемента живлення, вологи, понижених або високих температур, коли біологічна фіксація азота послаблена, вміст білку в зерні завжди менший, ніж при оптимальних значеннях вказаних чинників. У зв’язку з цим селекцію сої на підвищену симбіотичну активність, білкову продуктивність і врожайність слід вести при оптимальних умовах симбіозу, тобто на середньосуглинкових добре аерованих грунтах з рНсол. біля 6,5, достатньо забезпечених фосфором, калієм, магнієм, мікроелементами (бором, молібденом), при інокуляції насіння специфічним активним штамом ризобій. Азотні добрива застосовувати не потрібно. На цьому фоні добирають форми з підвищеною симбіотичною активністю за прямими (активність нітрогенази) або непрямими (інтенсивність фотосинтезу, вміст хлорофіллу в листках, ступінь розвитку вегетативних органів) ознаками.
Форми, що активно фіксують азот, мають декілька більш тривалий вегетаційний період, їм потрібна більша сума активних температур.