Нові форми сої створюють з використанням внутрішньовидової і віддаленої гібридизації, гетерозису, мутагенезу і поліплоїдії.
Внутрішньовидова гібридизація. Це основний метод створення вихідного матеріалу для селекції сої. Всі кращі сучасні сорти створені на її основі. Схрещування проводять в основному в межах фолрм манчжурського, індокитайського і корейського підвидів і між ними. Принцип додатковості – провідний при підборі батьківських пар. Насичуючі схрещування застосовують для покращення існуючих сортів шляхом надання їм однієї-двох бажаних ознак від форми-донора або створення серій ізогенних ліній, для використання в генетико-селекційних дослідженнях. Найбільш ефективні складні схрещування при участі чотирьох і більше батьківських форм.
Віддалена гібридизація. Використання таких схрещувань до цього часу не призвело до практичних успіхів, однак представляє теоретичний інтерес. Незважаючи на високу гомологічність геномів усурійського і культурних підвидів сої звичайної, гібридизація між ними утруднена через різні режими мітотичного циклу: профазний індекс сої усурійської дорівнює 0,71, культурних підвидів – 0,39. Крім того, дикоросла соя передає гібридам багато негативних домінантних ознак. Гібриди з нею можуть використовуватися як проміжний етап у складних схрещуваннях.
Гетерозис. У сої знайдена ядерна і цитоплазматична чоловіча стерільність Кращі гібриди перевищують за врожайністю комерційні сорти на 40 – 50%. Однак традиційні при селекції на гетерозис складнощі, пов’язані з створенням стерильних аналогів і ліній – відновлювачів фертильності, при роботі з соєю утруднюються клейстогамією в дуже маленькій квітці.
Поліплоїдія. З допомогою колхіцина в багатьох установах одержані автотетраплоїдні форми сої. На відміну від диплоїдів ці форми мають більш товсті високі стебла, більш крупні листки, крупне насіння, більш тривалий період вегетації. Фертильність тетраплоїдів низька, за врожайністю зерна вони поступаються диплоїдам, але перевищують їх за накопиченням вегетативної маси. В зв’язку з тим, що листова поверхня цих форм більша, ніж у диплоїдів, вони формують більш потужний симбіотичний апарат, але фіксований азот витрачається в основному на ріст вегетативних органів.
Мутагенез. Цей прийом створення вихідного матеріалу для селекції використовується достатньо широко. З його допомогою одержані форми з такими господарсько корисними ознаками, як підвищена продуктивність, скоростиглість, стійкість до багатьох хвороб, вилягання, нерозлусності бобів, високий вміст олії і білку в зерні. З використанням радіаційного мутагенезу С.Г. Тедорадзе створив сорт Універсал 1. Успішно використовується хімічні мутагени: нітрозоетілсечовина, діетілсульфат і етіленімін в дозах відповідно 0,04 – 0,05, 0,025 – 0,05 і 0,01 – 0,015% при експозиції 6 год.