Жито відноситься до сімейства Poaceae, тріби Triticeae, роду Secale L.
До цього часу у ботаніків немає єдиної думки відносно видового складу, філогенетичних зв’язків і походження жита. У 18 систематиках роду Secale L. описано від трьох до 14 видів. Перша систематика була створена в 1923 р. ботаніком А.А. Гроссгеймом: весь рід жита він поділив на три політипічних вида. Найбільш досконалою до цієї класифікації є систематика, яку запропонував В.Д. Кобилянський. Ґрунтуючись на багаторічному вивченні і критичному аналізі комплексу характеристик (морфології, анатомії, ембріології, каріології, цитогенетики, репродуктивної сумісності, обособленості ареалів і ін.) він виділив у роді Secale L. чотири вида, що поєднані в дві секції: I - sect. Oplismenopelos Nevski (з щільно закритими лусками); II – sect. Secale, що включає вид жито посівне, які поділені на п’ять підвидів.
Ботанічна система роду (згідно В.Д. Кобилянського)
I. Sect. Oplismenolepis II. Sect. Secale
1. S. silvestre Host 4. S. cereale L.
2. S. iranicum Kobyl. subsp. cereale
3. S. montanum Guss. subsp. vavilovii
subsp. montanum (Grossh.) Kobyl.
sudsp. kuprijanovii subsp. tetraploidum
(Grossh.) Tzvel. subsp. derzhavinii (Tzvel.)
subsp. anatolicum (Boiss.) Kobyl.
Tzvel. subsp. tsitsinii Kobyl.
subsp. africanum (Stapf.)
Kranz.
Вид S. cereale L. (жито посівне) поліморфний, об’єднує всі форми диплоїдного і тетраплоїдного культурного однорічного і багаторічного, а також смітньо-польового жита з неламким і ламким колосовим стрижнем.
Усі дикоростучі види sect. Oplismenolepis диплоїдні (2n = 14), мають ламкий колосовий стрижень, що розпадається після дозрівання, дрібне світло-коричневе зерно (маса 1000 зерен 5 – 17 г).
Встановлено два генетичних центра максимальної різноманітності форм жита. Первинний ген центр, який і є батьквщиною культурного жита, знаходиться на території Малої Азії, Закавказзя, Північно-Західного Ірану (Передньоазійський генцентр). Тут ростуть і всі дикі види жита. Другий генцентр з значно меншою різноманітністю S. cereale і одним диким видом – S. silvestre включає Північно-Східний Іран, Афганістан, Середню Азію (Середньоазійський генцентр). Цей центр вважається вторинним, що утворився в результаті міграції форми жита з первинного генцентру.
М.І. Вавілов встановив, що культурне жито походить з смітньо-польового і як смітня рослина просувалася з посівами пшениці і ячменю в більш північні і високогірні райони, де воно виявлялося більш холодостійким і, поступово, витісняло пшеницю і ячмінь, ставало основною культурою.
Завдяки широкому розселенню жита посівного, розвитку селекційних робіт протягом останнього століття створено багато сортів і форм цієї культури, що висівається тепер в різних екологічних зонах і це призвело до формування відповідних еколого-географічних груп. В.Ф. Антропова описала шість таких груп у відповідності з біологічними, морфологічними і господарськими особливостями і місцем походження сортів: північноросійська, західноросійська низинна, степова, західносибірська лісостепова, східносибірська лісостепова, далекосхідна приморська.
Всі комерційні сорти зернового диплоїдного жита представлені однією різновидністю – vulgare. Створення однорічного і багаторічного тетраплоїдного, багаторічного диплоїдного жита призвело до появи нових різновидностей. В.Д. Кобилянський описав 39 різновидностей.