Селекцію льону-довгунця проводять на врожайність волокна і його якість. Але ці інтегральні показники пов’язані з багатьома іншими, які їх визначають і краще піддаються визначенню. До числа показників, що прямо пов’язані з урожаністю волокна, відносяться врожай соломи, висота рослин, технічна довжина стебла (від кореневої шийки до першого розгалудження на його верхівці), відсоток волокна. З показників якості волокна особливо важлива гнучкість, оскільки міцність волокна у комерційних сортів досить висока.
Велике значення має тривалість вегетаційного періода. В Україні можна вирощувати порівняно пізньостиглі сорти льону- довгнця. Льон часто вилягає, Перехід до машинного збирання його і особливо до інтенсивних технологій вирощування поставив першочергову вимогу до стійкості сортів льону до вилягання. Надзвичайно важливо досягнути сполучення скоростиглості і стійкості до вилягання, чого поки що зробити не вдалося. З інших ознак, що забезпечують технологічність збирання, необхідно вказати на незчіпленість голівок суцвіття (вона пов’язана з компактністю суцвіття) і нерозтріскуваність коробочок, що виключає осипання насіння. Селекція на крупнонасіневість також має відповідне значення: крупне насіння забезпечує більш високу польову схожість.
Незважаючи на те, що олія льону-довгунця – непряма продукція, необхідно проводити селекцію на вміст олії в зерні і її якість.
Сорти льону повинні мати стійкість до найбільш шкодочинних хвороб: фузаріозного в’янення, іржі, поліспорозу, антракнозу, пасмо, бактеріозів. Особливо необхідна комплексна стійкість до всіх хвороб.