Гібридизація. Основний метод створення вихідного матеріалу для селекції льону-довгунця – внутрішньовидова гібридизація з наступним індивідуальним добором з гібридних поколінь. Використовують переважно парні міжсортові схрещування. Так, сорт К-6 одержаний від схрещування сортів Л-1120 і Томський 5. Парне схрещування покладено в основу створення сортів Л-1120, ВНИИЛ 17, Оршанський 2 і ін. Прикладом складного ступінчастого схрещування в селекції льону-довгунця можна використати створення сорту Могилевський. В гібридизації приймали участь Л-1120, Томський 5, Томський 9, ВНИИЛ 3. Складні схрещування використовувалися при створенні сортів – Прогрес, Томський 9, Томський 10 і ін.
Позитивні результати в селекції льону-довгунця встановлено при підборі пар за еколого-географічною (генетичною) віддаленістю Генетично віддалені схрещування з залученням різних груп льону культурного викликають багатий формоутворюючий процес. При цьому вищіплюються цінні форми.
Сорт льону – це переважно нащадки однієї рослини. Однак бувають випадки, коли сорт одержують, шляхом об’єднання близьких за характеристикою сімей з однієї гібридної популяції. Добори проводять починаючи з F2 і більш пізніх поколінь. Для досягнення константності їх застосовують повторно. Оскільки добори проводять з гібридного матеріалу, не виключена генетична різноманітність в межах відселектованих сортів. Це підтверджується успішними внутрішньосортовими доборами. Так, ефективне виділення висоолійних ліній з сортів Твеца, ВНИИЛ 11 і Л-1120. Добір з 16 сортів, серед яких були Бірюза, Прогрес, Тверца, на фузаріозостійкість також дав позитивні результати. Однак комерційних сортів внутрішньосортовим добором не створено.
Добре вдаються міжвидові схрещування льону з диплоїдним числом хромосом, що дорівнює 30. Однак у селекції льону-довгунця вони не одержали розповсюдження. Схрещування льону культурного з видами з інших хромосомних груп закінчувалися безрезультатно.
Індукований мутагенез. Роботи з льоном-довгунцем по використанню індукованого мутагенезу проводили в Інституті землеробства. Використовували як радіаційний, так і хімічний мутагенез. Насіння льону високостійке до іонізуючого опромінення: критична доза для них становить 1000 – 2000 Гр. У селекційній практиці отримали мутанти при використанні гамма-опромінення в дозі 100 Гр.
На льону випробувана дія практично всіх найбільш ефективних хімічних мутагенів. Сорти виявили різноманітну мутабельність. Встановлено, що у нащадків рослин, на яких в М1 відмічені морфози, в наступних поколіннях з’являється більше мутантних форм, ніж у нащадків без подібних наслідків від хімічної дії. Це дає змогу зробити процес виявлення мутантів менш важким. Використанням індукованого мутагенеза вдавалося одержати форми з підвищеним вмістом волокна, крупнонасіневі, скоростиглі, стійкі до вилягання, фузаріозного в’янення, іржі. Мутантний сорт Зоря 87, створений з вихідного матеріалу після обробітку гібридного насіння етіленіміном.
Тетраплоїди льону вперше одержані А.Н. Лутковим. У великих масштабах поліплоїдізація льону-довгунця і вивчення оосбливостей тетраплоїдів проводилися в Всеросійському НДІ льону. Кращим способом виявся обробіток верхівкової меристеми паростків водним розчином колхіцина в концентрації 0,02% (експозиція 24 і 48 год). Тетраплоїди мали більш крупне листя і коробочки, були більш стійкими до іржі, але сильно поступалися вихідним диплоїдам за висотою стебла, вмістом волокна, насіневою продуктивністю. В найближчому майбутньому не має перспектив їх селекційного використання. Однак відмічена поява реверсивних диплоїдів (0,6 – 2,9%), які виявилися неідентичними вихідним диплоїдам. Можна розглядати їх як додаткове джерело генетичної мінливості, яка представляє інтерес для селекції.
В зв’язку з ідеями використання гаплоїдів у селекції зроблені спроби знайти джерела одержання гаплоїдів і в льону. Поки що таким джерелом використовуються двох- і трьохзародкові насінини, поява яких у льону спостерігається з частотою 0,03%. Приблизно четверта частина таких насінин дають гаплоїдні рослини.
Гібридний льон. За американськими джерелами, у льону приріст урожаю від гетерозису в F1 становить 40%. Тому проблема гібридного льону представляє великий інтерес. ЦЧС у льону була відкрита В. Бетсоном і А. Гарднером у 1912 р. А.Р. Рогаш знайшов ЦЧС у гібридів від схрещування льону з Палестини з зразками довгунця. Однак такі форми мають закрите цвітіння: квітка залишається звернутою в трубочку. Виявлений австралійський зразок (сорт Курронг), який несе гени, що відновлюють нормальне розкриття квітки. При схрещуванні зразків довгунця, які мають ЦЧС, з L. bienne нащадки також утворювали нормальні квітки з стерільним пилком. В США є лінії з ЦЧС, які мають дрібні квітки і труьбчасті віночки, які утруднюють запилення. Таким чином, відомі форми з ЦЧС недосконалі і потребують селекційного вдосконалення з метою одержання нормально цвітущих рослин з крупними квітками і звичайним віночком.
Другий компонент системи – відновлювачі фертильності знайдені в Російській Федерації і США. Відновлення має моно- і дігенну природу. Виділені форми з генною чоловічою стерільністю. В цілому проблема гібридного льону ще потребує вирішення.