Дзэн утверждает, что к Просветлению можно прийти и через совершенствование в боевых искусствах. Приемы боя, рождавшиеся в дзэнских монастырях, со временем дали начало множеству стилей и направлений. Это и фехтование (кэндо), использующее как боевые мечи, так и фехтовальные бамбуковые палки, и восточный бокс (в Японии – кэмпо, в Китае – кунфу), и дзюдо или айкидо, предназначенные для обороны.
В тренировках использовались дзэнские приемы отработки навыков дыхания, концентрации внимания, перевода действий с уровня сознательно принимаемых решений на уровень мгновенной спонтанной и естественной реакции. Выработать эти качества помогали бег по крутому склону, поросшему деревьями, плавание со связанными за спиной руками, стрельба по быстро движущейся цели (у самураев – стрельба с коня на скаку). Основная задача, которая ставилась перед тренирующимися, определялась его возможностями. «Благородный муж обретает единение с Дао и таким образом хранит свою истинную сущность, достигая состояния святого – бессмертного, - писал известный мастер Ли Цюэнь. – Менее совершенный человек изучает боевые искусства. А несовершенный борется только ради славы и выгоды». Таким образом, истинным мастерством считалось умение вести поединок в состоянии слияния с «истинной природой вещей». Тогда само Дао, Великая Пустота действовала через бойца, не было различий между ним и противником, они становились просто частями единого целого.
На остове Окинава наивысшего развития достиг местный комплекс ритуальных боевых искусств китайского происхождения. Он носил название тодэ (кит. «рука династии Тан»), или окинава-тэ («окинавская рука»). В 30-х гг. 20 столетия на основе этих систем в Японии возникло каратэ. Это синтез японских приемов самозащиты из арсеналов дзюдо и айкидо, китайского кунфу и корейского тэквандо. В каратэ очень важно уметь контролировать дыхание – подобные навыки пришли из Индии: плавно двигаться – в этом помогли древние китайские упражнения, а боевая стойка полностью была выработана в Японии. В каратэ практикуются и захваты, и удары, но главное – отрегулировать дыхание, сконцентрировать энергию, сосредоточить внимание в определенной точке (в руке или ноге) и, нанося удар (неважно, по противнику или по какому-нибудь предмету), сопровождать его сильным выдохом с выкриком и выбросом энергии.
Так же сосредоточивается внутренняя энергия на мече или на стреле в фехтовании или при стрельбе из лука. Словами здесь трудно что-либо объяснить – иначе не нужна была бы долгая практика, способствующая владению своей энергией (кит. «ци», япон. «ки»).
Ниндзюцу, т. е. искусство ниндзя многое заимствовало из достижений всех вышеназванных искусств. Оно особенно процветало в 16 в., когда вся Япония была охвачена междуусобными войнами феодальных кланов, боровшихся за власть. В этих войнах наряду с действовавшими по строгим рыцарским правилам дружинами самураев широко использовались и лазутчики – наемные убийцы ниндзя, происходившие из обедневших самурайских родов провинций Ига и Ога. В сознании ниндзя принципы дзэн - буддизма, соединившись с учением буддийской школы сингон («истинных слов»), породили такие характерные формы мистической практики, как использование мудр для успокоения или активизации сознания, медитации на различные типы мандал, а также культ мелкого оружия (метательных звезд, палочек и т. д.).
В основном ниндзя выполняли роль штурмовых бригад при осаде замков, а с 17 в. служили личными телохранителями.
В настоящее время практика ниндзюцу носит явный коммерческий характер, ее религиозный подтекст полностью исчез.