Часть любой строки, начинающаяся со знака «#» вплоть до символа новой строки является комментарием и не исполняется оболочкой. Как и в других языках программирования, комментарии предназначены для передачи какой‑либо неочевидной из текста самой программы информации ее читателю.
Во многих системах (включая «ГНУ/Линукс») специальная нестандартная форма комментария может использоваться также для передачи ядру системы информации о том, какую именно оболочку использовать для интерпретации сценария. Такой комментарий имеет вид символов «#!», за которыми слитно следует имя исполняемого файла (обычно «/bin/sh», «/bin/bash» или «/usr/bin/bash»), и должен начинать файл сценария, то есть находиться в первой строке.
Информация из специального комментария востребуется только если файлу сценария придан атрибут исполняемого, а его выполнение инициировано указанием имени файла в качестве команды ОС. Если сценарий запускается на выполнение явным вызовом дополнительного экемпляра оболочки (например, «/usr/bin/bash <сценарий»), специальный комментарий игнорируется. Эта строка почти всегда присутствует при публикации сценариев, чтобы было понятно, используется ли язык стандартной оболочки («sh»), ее расширения («bash», «zsh», «ksh») или не вполне совместимые со стандартом диалекты (такие, как «tcsh»)[62].