В рамках ЭКОСОС в системе ООН действуют различные межправительственные постоянные и функциональные комиссии и комитеты: Статистическая комиссия, Комиссия по народонаселению, Комиссия по правам человека, Комиссия по положению женщин, Комитет по неправительственным организациям и др. Они объединены под общим названием «вспомогательные органы ЭКОСОС». Совет координирует также деятельность таких межправительственных органов, как Комитет по науке и технике, Комиссия по населенным пунктам, Всемирный продовольственный совет, Комитет по новым и возобновляемым источникам энергии. Помимо них в системе ЭКОСОС создано множество экспертных и консультативных органов, действующих на индивидуальной основе. Все эти органы готовят доклады и разрабатывают рекомендации для представления в Совет и Генеральную Ассамблею ООН.