Обращение к натурфилософии вытекало не только из философских проблем: оно требовалось также развитием эмпирических наук и вообще отвечало всем интеллектуальным интересам того времени. Неясные и загадочные явления электричества, магнетизма и химического сродства привлекали в конце XVIII в. общее внимание. В это же время обнародовал свое открытие Гальвани, учение о флогистоне сменилось кислородной теорией Лавуазье и в медицинском мире Германии распространилась теория возбудимости Броуна. Все это требовало объединения и общего объяснения.
Между всеми новооткрытыми явлениями природы смутно чувствовалось какое-то родство и зависимость. Нужно было найти общий принцип, раскрывающий загадку природы и дающий возможность установить внутреннюю связь всех её проявлений. Такой принцип могла дать только философия. Шеллинг ясно понял запросы времени и направил свои силы на их удовлетворение. В нём было необходимое для разрешения натурфилософских проблем сочетание глубокой философской мысли с трезвым и зорким взглядом натуралиста. И если натурфилософия Шеллинга оказалась во многих отношениях предприятием неудачным и давшим лишь эфемерные результаты, то причину этого следует видеть не в отсутствии у Шеллинга необходимого таланта или познаний, а в чрезвычайной трудности натурфилософских проблем, особенно в то время, при полной неразработанности эмпирических наук.
Натурфилософия Шеллинга имела несколько выражений в многочисленных сочинениях, написанных одно после другого в период времени от 1797 до 1802 г. Первые сочинения имеют характер набросков или эскизов. По мере развития своего миросозерцания Шеллинг дополнял и видоизменял прежде высказанные взгляды и излагал свою теорию в новых, более законченных и обработанных формах. В последних его натурфилософских сочинениях зарождается уже новая фаза его философского развития, выразившаяся в философии тождества.
Сначала внимание Шеллинга обращено было преимущественно на конкретные и чувственные проявления природы. Здесь пантеизм Шеллинга имеет натуралистический и даже антирелигиозный характер. Характерно относящееся к этому времени натурфилософское стихотворение Шеллинга, обнародованное целиком только после его смерти: «Epikureisches Glaubensbekenntniss Heinz Widerporstens». В нём Шеллинг нападает на туманную религиозность некоторых романтиков (главным образом Шлейермахера и Гарденберга) и исповедует свою религию, которая видит Бога только в том, что осязаемо — и действительно, обнаруживает Его в дремлющей жизни камней и металлов, в прозябании мха и растений.
Задачей Шеллинга было проследить развитие природы от её низших ступеней до высших проявлений сознательной жизни. Вся природа для Шеллинга есть дремлющая интеллигенция, приходящая к полному пробуждению в человеческом духе. Человек есть высшая цель природы. «Ich bin der Gott, den sie im Busen hegt, der Geist, der sich in Allem bewegt» — восклицает Шеллинг в вышеупомянутом стихотворении.