Первые наброски натурфилософии Шеллинга находились в тесной связи с субъективным идеализмом Фихте. Задачей Шеллинга было, между прочим, конструировать природу из трансцендентальных условий познания. Если эта задача фактически получила лишь кажущееся разрешение, то, во всяком случае, Шеллинг признавал такое конструирование вполне возможным.
По мере развития натурфилософии её отношение к точке зрения Фихте существенно изменялось. Понимание природы, как объекта, существующего лишь в сознании, то есть как чисто феноменальной действительности, сменилось взглядом на природу, как на нечто сущее вне сознания и до сознания. Напротив, само сознание получило значение чего-то вторичного, появляющегося лишь на известной стадии развития природы. Кроме значения субъективного феномена, понятие природы получило смысл совершенно самостоятельного объекта. Таким образом точка зрения Шеллинга начала противополагаться субъективному идеализму Фихте, как объективный идеализм.
Это противоположение получило наиболее ясное выражение в полемическом сочинении Шеллинга против Фихте: «Ueber das Verhältniss der Naturphilosophie zur verbesserten Fichteschen Lehre». Здесь Шеллинг доказывает невозможность вывести природу из одних лишь принципов субъективного. Кроме того, он находит противоречие у Фихте между его пониманием природы и тем значением, которое он ей приписывает, а именно значением задержки или препятствия, необходимого для деятельности духа и для реализации его свободы. Если природа не имеет никакой внешней реальности, а всецело создана познающим «я», то она и не может быть объектом деятельности. «На такую природу, — остроумно замечает Шеллинг, — также нельзя воздействовать, как нельзя ушибиться об угол геометрической фигуры». Если в первых двух периодах философия Шеллинга представляла своеобразную концепцию Фихте — Спинозовских принципов, то в третьем она является, кроме того, отражением систем Платона, Бруно и Лейбница.