На федеральном уровне центральным звеном государственной системы управления транспортом является Министерство транспорта РФ.
Создание управляющих структур и распределение между ними функций и полномочий предполагает наличие организации системы государственного регулирования транспортной деятельности.
Министерство транспорта РФ имеет свой центральный аппарат и департаменты по видам транспорта и дорожному хозяйству. Департаменты транспорта осуществляют тщательный анализ состояний и тенденций развития подотрасли, в соответствии с единой государственной политикой разрабатывают политику развития транспорта региона.
Центральный аппарат занимается стратегическими проблемами, разработкой, подготовкой, согласованием проектов законов и нормативных актов, реализацией их на месте занимаются самостоятельные центры власти в виде местных администраций. Формирующаяся система территориального управления работой транспорта состоит из органов транспортной администрации, неадминистративных хозяйственно-финансовых подразделений и координационных структур.