В словах иноязычного происхождения (особенно в собственных именах), а также в аббревиатурах встречаются написания, отступающие от общих правил употребления букв. Например, в некоторых иноязычных словах после букв ж, ш, ц пишутся буквы я, ю, э (брошюра, парашют, жюри, пшют, Жюль, Шяуляй, Цявловский, Цюрих; жэнь, Шэньян, Лао Шэ ), а после ч – буквы ы и э (Чыонг, Чэнду ). Такие написания могут отражать некоторые особенности произношения – например, нехарактерные для русского языка мягкие ж и ш , твердый ч .
Только в словах иноязычного происхождения встречаются буквенные сочетания йя, йю, йе, йи, йо, ьо , напр.: секвойя, секвойю (вин. п.), Гойя, паранойя, паранойи (род. п.), Йорк, район, бульон. Нехарактерные для русского языка сочетания букв встречаются и в аббревиатурах, напр.: ЖЭК, ЧЭЗ (частотное электромагнитное зондирование), ЙАР (Йеменская Арабская Республика).
Особая роль традиции в написании фамилий (как русских, так и иностранных) определяется их юридическим статусом: они сохраняют буквенный облик, зафиксированный в официальных документах. Например, есть фамилии Чо рный и Чё рный, О хапкин и А хапкин, Кома ровский и Комо ровский, Сыроеж кин и Сыроеш кин, Бес сонов и Без сонов, Кузь мин и Кузмин .