Органические факторы играют важную роль в развитии вторичных сексуальных проблем. Поэтому в случае их возникновения обязательно общесоматическое, а также гинекологическое или урологическое обследование. На сегодняшний день имеется больше сведений о влиянии болезней, медицинских препаратов и функциональных нарушений на мужскую сексуальность, чем на женскую, т.к. большинство исследований сексуальности было проведено на мужчинах.
Любые, даже самые незначительные, физиологические нарушения могут способствовать тому, что сексуальная восприимчивость и сексуальное функционирование человека окажутся подверженными воздействию негативных эмоций и ситуаций. Любые нарушения функционирования сосудистой, эндокринной и нервной систем могут способствовать развитию сексуальных проблем. Сопровождающие же эти нарушения боль и усталость могут отвлекать человека от эротических мыслей и ощущений или ограничивать доступные ему формы сексуальной активности. Лекарственные средства, хирургические операции, болезни, инвалидность, а также «рекреационные» наркотические препараты могут воздействовать на каждую из этих систем. Например, для курящих мужчин вероятность возникновения проблем с эрекцией в 5 раз выше, чем для некурящих. Воздействие курения на женскую сексуальность до сих пор не изучено.