При строительстве основными факторами подтопления являются изменение условий поверхностного стока воды при вертикальной планировке, разрушение естественных водотоков, накопление атмосферных вод в котловане при большом разрыве во времени между земляными и строительно-монтажными работами и т.п.
При эксплуатации подтопление вызывается замачиванием (инфильтрацией) грунтов из-за наличия утечек производственных вод, полива зеленых насаждений, уменьшения атмосферного испарения под зданиями и дорожными покрытиями (эффект экранирования).