При комп'ютерній томографії досліджуються в основному три зони - голова і шия, грудна і черевна порожнини. Нерідко детально вивчається лише один орган чи структура. Ніякої особливої підготовки перед процедурою не вимагається. При поганому перенесенні закритих просторів пацієнтові за кілька годин дають заспокійливі засоби.
Комп'ютерний томограф - це стіл, який входить у куб з великим круглим вікном. Усередині вікна перебуває промінь і матриця. Відбувається дослідження так. Пацієнт лежить на столі, дуже повільно переміщається всередині обертового кільця. На цьому кільці з одного краю перебуває рентгенівська трубка, а з іншого ланцюжок дуже чутливих детекторів. Поступово сканер просувається вздовж тіла людини. Після повного обороту випромінювача рентгенівських хвиль і детекторів навколо столу, на екрані комп'ютера з’являється зріз досліджуваного органу. Так зріз за зрізом збирається інформація про цей орган і про його внутрішній вміст. Як правило, дослідження проводиться 1 годину, а для певних областей, наприклад лише голови або тільки шиї, досить декількох хвилин. Трохи довше триває сканування грудної клітини чи черевної порожнини.
При необхідності використовується спіральна комп'ютерна томографія. У цьому випадку стіл і трубка з детектором рухаються безперервно, і в результаті рентгенівський випромінювач описує спіраль навколо пацієнта. Це дає більш повну інформацію про потрібний орган. Сучасні комп'ютерні програми дають можливість переглядати тривимірні зображення.