Поскольку фонема определяется по своему сильному варианту, достаточно легко подсчитать количество гласных и согласных фонем русского языка: их столько, сколько звуков в сильных позициях. Однако не все лингвисты проявляют единство во взглядах на систему фонем. Так, представители различных филологических школ по-разному квалифицируют гласный [ы]. Одни учёные считают его самостоятельной фонемой <ы>, т.к. этот звук встречается в сильной позиции (сын, тыква, отцы). Другие называют [ы] вариантом фонемы <и>, т.к., во-первых, этот звук бывает в сильной позиции только после твёрдых согласных (для остальных гласных сильная позиция возможна как после твёрдых, так и после мягких согласных), а во-вторых, звук [ы] практически не встречается в начале слова (в отличие от [и]).
Нет единства и в выделении некоторых согласных фонем: далеко не все лингвисты считают самостоятельными фонемы <г`>, <к`>, <х`> (т.к. звуки [г`], [к`], [х`] выступают в сильной позиции обычно только перед гласными переднего ряда: хитрый, герой, (в) руке – и никогда не бывают в абсолютном конце слова). Некоторые учёные не согласны с существованием фонем <ж`:>, <ш`:>, считая их долготу результатом ассимиляции двух звуков: [с] [ч`] или [ш] [ч`].
Учитывая специфику факультета, готовящего учителей начальных классов, мы предлагаем присоединиться к мнению лингвистов, которые определяют количество фонем в зависимости от количества возможных сильных позиций.
В соответствии с таким подходом, в современном русском языке выделяется 6 гласных фонем: <а>, <э>, <о>, <и>, <ы>, <у>(см. § 10) – и 37 согласных: <б>, <б`>, <в>, <в`>, <г>, <г`>, <д>, <д`>, <ж>, <ж`:>, <з>, <з`>, <й`>, <к>, <к`>, <л>, <л`>, <м>, <м`>, <н>, <н`>, <п>, <п`>, <р>, <р`>, <с>, <с`>, <т>, <т`>, <ф>, <ф`>, <х>, <х`>, <ц>, <ч`>, <ш>, <ш`:> (см. § 11).