После того, как IBM и Microsoft разошлись в разные стороны, Microsoft переделала свою версию OS/2 в Windows NT, а сама OS/2 продолжала разрабатываться в фирме IBM, которая всё же не уделяла этой операционной системе должного внимания.
21 мая 1990 года вышла Windows 3.0. За первый месяц её копий было продано больше, чем копий OS/2 за целых три года. Microsoft занимает доминирующее положение на рынке офисного ПО для Windows.
В 1991 году Microsoft прекратила участие в разработке OS/2, разрабатываемая аппаратно-независимая ОС переименована из «OS/2, Version 3» в «Windows NT».
Версию OS/2 Warp 3 всерьёз рассматривали как достойного конкурента Windows, но версия 4 уже не претендовала на это из-за рекламной деятельности Microsoft. 26 октября 1996 года вышла следующая версия — OS/2 Warp 4.0 (Мерлин). В 1999 году появляется OS/2 Warp Server for e-business (кодовое название «Аврора», версия системы — 4.5).
Интересен также тот факт, что в процессе совместной работы специалисты Microsoft создавали для Windows существенно более удобный конечному пользователю код, относительно такового для OS/2 v1.10SE и OS/2 v1.20. Таков, в частности, весь код ядра и интерфейсов, относящийся к драйверам устройств.
Пример процедуры установки принтера в ранних версиях OS/2:
· установить драйверы устройства;
· установить очередь принтера;
· создать объект принтера;
· сопоставить драйвер устройства с объектом принтера;
· сопоставить очередь печати с объектом принтера;
· настроить COM-порт для принтера, подключаемого к оному порту;
· при помощи команды SPOOL переназначить принтер на желаемый порт;
· определить опциональные параметры настройки принтера.
Microsoft, официально отказавшись от поддержки OS/2, продолжала внимательно следить за развитием этой операционной системы. Многие детали интерфейса OS/2 IBM и Microsoft перешли в новую ОС Microsoft — Windows 95.