Для облегчения портирования Unix/Linux-программ, а также разработки родных приложений в Unix-подобном стиле, используется набор библиотек emx, распространяемый в соответствии с лицензией GNU GPL. Если Unix-программа не завязана на конкретные особенности реализации ядра (часто бывает с приложениями для Linux), то в большинстве случаев её можно скомпилировать под OS/2. Однако, если программа рассчитана на POSIX-совместимость, её компиляция под OS/2 может оказаться проблематичной.
Существуют также несколько реализаций X Window System для OS/2, наиболее распространённой из которых является XFree86-OS/2.