До недавнего времени в литературе была принята датировка храма по Н. Н. Воронину — 1165 год, основанная на сообщении Жития Андрея Боголюбского о том, что церковь Покрова была построена в память о погибшем сыне великого князя — Изяславе Андреевиче). Однако Изяслав погиб осенью 1165 года, и в течение зимы храм никак не мог быть построен. С. В. Заграевский, проведя анализ летописных источников, обосновал более раннюю датировку храма — 1158 годом (см. литературу по храму).
Церковь освящена в честь праздника Покрова Богородицы, установленного на Руси в середине XII века по инициативе Андрея Боголюбского. Вероятно, это первая церковь Покрова на Руси.
По легенде, содержащейся в Житии Андрея Боголюбского, белый камень для постройки церкви был вывезен из покорённого Андреем Боголюбским булгарского царства. Однако эта легенда опровергается как историческими фактами, так и тем, что камень церкви Покрова отличается исключительной белизной (это наиболее высококачественный камень из всех белокаменных владимиро-суздальских храмов), а камень в Волжской Булгарии обладает серо-коричневым оттенком.
В конце XVIII века из-за низкой доходности Покровской церкви игумен Боголюбского монастыря (к которому она была приписана) пытался разобрать храм на строительный материал для возведения монастырской колокольни, однако недостаток средств не позволил начать работы.