Идея автономной философии, о которой уже шла речь, была реализована французским философом Рене Декартом (1596-1650 ), который является основателем альтернативной эмпиризму рационалистической философии. В своих сочинениях «Правила для руководства ума», «Рассуждения о методе» проблему достоверности знания он решает, в отличие от практической основательности Ф. Бэкона в сфере самого знания, его внутренних характеристик. Развивая учение о методе, он утверждает четыре правила познания: очевидность, анализ, контроль и методическое сомнение. Декарт заявляет: «Я мыслю, следовательно, существую», утверждая несомненность самого существования познающего мышления. Доказательство этих идей разума - в оправдании самого разума, в доверии к нему. Бог становится гарантом постижимости сотворенного им мира и объективности человеческого познания. Благоговение перед Богом оборачивается глубоким доверием к разуму. Система аргументации его вполне делает понятной мысль о существовании врождённых идей в качестве одного из основоположений рационализма.
Врождённость объясняет эффект ясности и отчётливости, действенности интеллектуальной интуиции, присущей нашему уму. Сотворённые Богом вещи можно познать, лишь углубляясь в ум. А все вещи составляют две независимые субстанции - души и тела, познаваемые в их основных атрибутах: протяженность и мышление соответственно. Телесная природа - не больше, чем механизм. Укрепление господства разума над чувствами и страстями тела - исходный принцип для поиска формул нравственного поведения в самых разнообразных жизненных ситуациях.
Значение Декарта для развития современной науки и философии огромно. Кроме «новых правил и принципов философии», он способствовал развитию ряда специальных научных дисциплин. Его идеи, относящиеся к области естественных наук, серьезнейшим образом повлияли на развитие французского, в частности механистически-материалистического, философского и естественно-научного мышления. Дуализм Декарта, разделившего бытие на мыслящую субстанцию (дух) и протяженную (материю), сделал возможным двойственное, взаимоисключающее толкование его учения. Объяснить устройство мира - значило ясно и наглядно представить себе его в абстракциях, и в то же время в наглядных образах. Мир устроен рационально - это означало, что он может быть расчленён с помощью анализа на логически связанные друг с другом и математически точно описываемые составные элементы. Здесь кроется методологическая основа математизации естествознания. В это время стали верить, что философия способна стать наукой и должна ею стать. Науку рассматривали как высшую ценность, практическое применение которой к удовлетворению разнообразных потребностей людей лишь ещё больше возвышает познающую деятельность разума.