Залишивши Париж, Флобер повертається до маєтку Круасе і живе там із матір'ю. Ії маленький будиночок на березі Сени став його прихистком на решту життя. Флобер так і не одружився. Він мав романтичні стосунки із поетесою Луїзою Коле (збереглося їх листування). Та розрив стосунків із нею змусив Флобера назавжди втратити потяг до романтики і шукати платонічного спілкування.
У 1846 Флобер подорожував Британією у компанії Максима дю Кана, що залишався справжнім другом все життя письменника. У 1846–1850 він здійснив довгу подорож до на сифіліс). У 1850 році письменник провів 5 тижнів у Константинополі, і після цього усамітнився у Круасе, лише зрідка навідуючись до Парижа та Лондона, де жила його коханка. Хоча 1858 року він відвідав Карфаген, аби продовжити дослідження Сходу задля «Саламбо».
Флобер був невтомним трудівником і часто скаржився у листах до своїх друзів на те, яка напружена у нього робота. Він був дуже близький із племінницею Каролін Комманвіл та вів дружнє листування із Жорж Санд. Зрідка відвідував паризьких знайомих, серед яких булиЕміль Золя, Альфонс Доде, Іван Тургенєв, брати Едмон та Жуль де Гонкур.
1870-ті роки були дуже складними. Солдати пруської армії окупували його будиночок під час війни 1870 та у 1872. Згодом померла його мати. Флобер мав серйозні фінансові проблеми. Крім того, більшість свого життя він страждав від венеричних хвороб. Його здоров'я значно погіршилось. 1880 у віці 58 років Флобер помер від інсульту. Письменника поховали у сімейному склепінні на кладовищі у Руані. Пам'ятник великому письменникові був урочисто відкритий у музеї Руана 1890 року.