У вересні 1849 Флобер закінчив першу версію роману «Спокуса Святого Антонія». Він читав роман вголос Луісу Буйє та Максиму дю Кану впродовж чотирьох днів, не дозволяючи їм переривати читання чи висловлювати свої думки, зауваження тощо. Наприкінці читання друзі порадили письменникові спалити рукопис у вогнищі і запропонували йому зосередитись на картинах повсякденного життя, а не на напівфантастичних постатях.
У 1850 році, повернувшись із Єгипту, Флобер почав працювати над «Мадам Боварі». Роман, написаний за 5 років, був виданий кількома випусками у «Рев'ю де Парі» 1856 року. Уряд жорстко розкритикував і письменника, і видавця, звинувачуючи їх у аморальності. Звинувачення лунали ще більше року, проте і Флобер, і видавець врешті були виправдані. Коли ж «Мадам Боварі» було видано книгою, читач її зустрів на подив дуже тепло.
У 1858 Флобер здійснив подорож до Карфагена, щоб зібрати достатньо матеріалів для наступного роману «Саламбо». Роман був закінчений у 1862 році після 4 років роботи. Наступна робота «Виховання почуттів» — це спроба автора змалювати власне дитинство, яка тривала 7 років. Зокрема, у романі описано європейські події 1848 року. Вона стала останнім романом письменника і була видана 1869 року.
Флобер написав драму «Претендент», щоправда, вона не мала успіху, та опублікував перероблену версію «Спокуси Святого Антонія» 1857 року. У 1877 році Флобер публікує у журналах повісті «Просте серце», «Іродіада» та «Легенда про Святого Юліана Милостивого», написані у перервах між роботою над романом «Бувар та Пекюше», що залишився незакінченим.